Az els� Formula 3  id�ny�ben 1989-ben k�t versenyt nyert, �s csak  1 ponttal maradt le a m�sodik, Heinz-Harald Frentzen m�g�tt, �gy �   a harmadik helyen v�gzett. A bajnoks�got Karl Wendlinger nyerte. Tov�bbi fejl�d�se �rdek�ben Willi Weber, m�sodpil�tai szerepet szerzett neki a C csoportos vil�gbajnoks�ba a Mercedes-Benzn�l,  de � ezt nem fogadta el, mert m�shol l�tta saj�t fejl�d�s�nek j�v�j�t.      

Megtanulta, hogyan kommunik�ljon a sajt�val, �s hogyan hozza ki a legt�bbet a versenyaut�j�b�l an�lk�l, hogy t�lhajtsa azt, de a benne l�v� l�er�t �s maxim�lis sebess�get a leghat�konyabban haszn�lhassa fel.            Az aut� profi be�ll�t�s�t pil�tat�rs�t�l Jochen Masst�l tanulta. Mint akkori N�met Formula 3 bajnok, r�szt vett egy nem hivatalos Formula 3 vil�gbajnoks�gon 1990-ben.

  Maka�n, Schumi nagy riv�lisa, Mika H�kkinen ellen versenyzett, mint ahogy az t�rt�nt a Formula 3 szezonban a v�gs� versenyen Hockenheimben. Michael nyerte a versenyt. Legy�zte a felt�rekv� tehets�geket, �s ez volt a nemzetk�zi �tt�r�se. Fujin egy m�sik nemzetk�zi Formula 3 versenyen, szint�n � haladhatott �t els�k�nt a fekete-feh�r kock�s z�szl� alatt. 1990-ben siker�l megnyernie a Formula 3 bajnoks�got, amir�l az el�z� �vben �ppencsak lemaradt. Ezt is �gy, hogy nem j�l kezd�d�tt: lemaradt ez els� k�t versenyr�l (Zolder �s Hockenheim).  A harmadik versenyen N�rburgringen a pontot �r� �t�dik helyre vezette aut�j�t. Michael nem hagyta annyiban, a k�vetkez� h�t versenyb�l �t�t megnyert, �s meger�s�tette bajnoki c�m�t a szezon v�ge el�tt. A szezonz�r� versenyen Hockenheimben a m�sodik lett  Hakkinen m�g�tt.

  1990-ben p�rhuzamosan vett r�szt  a Formula 3-ban, �s a C csoportos vil�gbajnoks�gon. Schumacher, Heinz-Harald Frentzen, �s Karl Wendlinger alkotta a Mercedes-Benz junior csapat�t.  Michael az �t�dik helyen z�rta az id�nyt, �s megnyert�k a m�rkaversenyt  egy m�sik Mercedes pilot�val a Sauber csapatb�l. Jochen Mass-al megnyert�k a z�r�versenyt Mexico v�rosban. 1991 augusztus k�zep�n deb�t�lt a Belga GP-n Spa-ban,        Eddi Jordan Ford csapat�ban. A Benetton -Ford  csapatn�l k�t�tt ki, r�szt vett a h�tral�v� versenyeken. R�gt�n a m�sodik versenyen k�t vil�gbajnoki pontott szerzett, felj�tt az �t�dik helyre a tapasztalt csapatt�rs Nelson Piquet el�. Ezt a r�vid szezont a tiszteletrem�lt� tizenkettedik helyen fejezte be.