Az első Formula 3  idényében 1989-ben két versenyt nyert, és csak  1 ponttal maradt le a második, Heinz-Harald Frentzen mögött, így ő   a harmadik helyen végzett. A bajnokságot Karl Wendlinger nyerte. További fejlődése érdekében Willi Weber, másodpilótai szerepet szerzett neki a C csoportos világbajnoksába a Mercedes-Benznél,  de ő ezt nem fogadta el, mert máshol látta saját fejlődésének jövőjét.      

Megtanulta, hogyan kommunikáljon a sajtóval, és hogyan hozza ki a legtöbbet a versenyautójából anélkül, hogy túlhajtsa azt, de a benne lévő lóerőt és maximális sebességet a leghatékonyabban használhassa fel.            Az autó profi beállítását pilótatársától Jochen Masstól tanulta. Mint akkori Német Formula 3 bajnok, részt vett egy nem hivatalos Formula 3 világbajnokságon 1990-ben.

  Makaón, Schumi nagy riválisa, Mika Häkkinen ellen versenyzett, mint ahogy az történt a Formula 3 szezonban a végső versenyen Hockenheimben. Michael nyerte a versenyt. Legyőzte a feltörekvő tehetségeket, és ez volt a nemzetközi áttörése. Fujin egy másik nemzetközi Formula 3 versenyen, szintén ő haladhatott át elsőként a fekete-fehér kockás zászló alatt. 1990-ben sikerül megnyernie a Formula 3 bajnokságot, amiről az előző évben éppencsak lemaradt. Ezt is úgy, hogy nem jól kezdődőtt: lemaradt ez első két versenyről (Zolder és Hockenheim).  A harmadik versenyen Nürburgringen a pontot érő ötödik helyre vezette autóját. Michael nem hagyta annyiban, a következő hét versenyből ötöt megnyert, és megerősítette bajnoki címét a szezon vége előtt. A szezonzáró versenyen Hockenheimben a második lett  Hakkinen mögött.

  1990-ben párhuzamosan vett részt  a Formula 3-ban, és a C csoportos világbajnokságon. Schumacher, Heinz-Harald Frentzen, és Karl Wendlinger alkotta a Mercedes-Benz junior csapatát.  Michael az ötödik helyen zárta az idényt, és megnyerték a márkaversenyt  egy másik Mercedes pilotával a Sauber csapatból. Jochen Mass-al megnyerték a záróversenyt Mexico városban. 1991 augusztus közepén debütált a Belga GP-n Spa-ban,        Eddi Jordan Ford csapatában. A Benetton -Ford  csapatnál kötött ki, részt vett a hátralévő versenyeken. Rögtön a második versenyen két világbajnoki pontott szerzett, feljött az ötödik helyre a tapasztalt csapattárs Nelson Piquet elé. Ezt a rövid szezont a tiszteletreméltó tizenkettedik helyen fejezte be.